喜马拉雅山脉的爆炸余波尚未消散，林小满怀中的朵朵突然剧烈抽搐，后颈的紫色纹路如活物般疯狂游走。她颤抖着摸出从改造人身上扯下的芯片，在月光下赫然发现芯片表面蚀刻着父亲实验室的徽标——那是她以为早己随着废品站一同烧毁的印记。
“姐......姐......”朵朵突然睁眼，瞳孔变成诡异的竖瞳，声音却像是叠加了无数人的嘶吼，“深渊......苏醒......”小女孩的皮肤开始龟裂，紫色液体不断渗出。林小满强忍着泪水，将电磁干扰器贴在朵朵后颈，蓝光闪烁间，芯片被彻底熔毁。
与此同时，夜枭坠落的雪山深处，冰层突然裂开蛛网状的纹路。昏迷的他被卷入冰洞，在急速下坠中，后背撞上布满荧光苔藓的岩壁。朦胧间，他看到冰壁里封存着数以百计的冷冻舱，每个舱内都沉睡着与林小满面容相似的女子，她们脖颈处都烙着相同的基因编号。
“欢迎来到深渊计划的起点。”安德森的声音从头顶传来，冰洞顶部垂下数十根机械臂，“二十年前，你父亲偷走的不仅是病毒样本，还有整个‘女娲计划’——用基因编辑技术创造完美人类的疯狂实验。”全息投影亮起，画面中年轻的林德发正将襁褓中的林小满交给神秘人，“而你和林小满，都是计划的‘失败品’。”
海城这边，林小满在朵朵苏醒后立刻赶往父亲生前的秘密据点。废弃仓库的暗格里，她找到一个布满弹孔的铁皮箱，箱内除了半块基因密钥，还有父亲的临终录像。画面中的林德发满脸血污，身后的实验室正在爆炸：“小满，如果看到这段视频，说明深渊计划己经失控。记住，安德森他们追求的‘完美基因’，其实是......”录像突然中断，最后一帧定格在安德森狞笑的脸。
夜枭在冰洞深处挣扎起身，黑客设备竟奇迹般完好。他迅速黑入机械臂控制系统，发现这些装置正在向全球发送特殊频率的基因信号。“他们要用冰壁里的克隆体激活深渊病毒！”他的手指在键盘上飞舞，却发现所有数据都被量子加密，唯一的突破口，是某个标注着“女娲001”的冷冻舱——里面沉睡着与林小满一模一样的女子。
“想救你的小情人？”安德森的声音再次响起，冰洞顶部降下电网，“帮我完成基因共振，我就告诉你，林德发当年是怎么抛弃你们母女的。”夜枭握紧拳头，突然想起父亲日记里的一句话：“真正的完美，不是剔除缺陷，而是接纳不完美。”他将芯片插入冷冻舱，选择启动自毁程序。
海城的天空突然被紫色极光笼罩，所有电子设备开始疯狂报警。林小满带着基因密钥冲向市中心的基因塔，却发现安德森早己等候在此。对方的皮肤完全变成半透明状，体内的紫色血管清晰可见：“来得正好，最后的祭品。”他挥手召出改造人大军，“只要把你献祭给深渊病毒，人类就能迎来真正的进化！”
千钧一发之际，夜枭驾驶着临时改装的雪地摩托冲破重围。他的黑客设备连接着冰洞的数据，将“女娲计划”的所有真相投射到基因塔外墙上：安德森如何篡改实验数据、林德发怎样为了保护女儿偷走样本、以及所谓“完美基因”不过是控制人类的枷锁。
“你们被骗了！”夜枭的声音响彻整个海城，“看看这些克隆体，她们没有感情、没有灵魂，这就是你们想要的未来？”他的话激起改造人群的骚动，部分人开始撕扯自己脖颈的芯片。
林小满趁机将基因密钥插入基因塔，系统却提示需要双人验证。夜枭毫不犹豫地将手放在她身侧，两人的基因数据在蓝光中交织。当安德森疯狂扑来时，基因塔爆发出耀眼的白光——深渊病毒的传播链被彻底切断，而冰洞深处，所有冷冻舱开始自动焚毁。
尘埃落定，林小满和夜枭站在基因塔顶端。远处，朵朵带着孩子们向他们挥手。夜枭调出最后一段加密视频，画面里林德发抱着婴儿时期的林小满，眼角含泪：“对不起，爸爸不能陪你长大了，但你一定要记住，你生来就是完美的......”
“我们成功了。”林小满握紧夜枭的手。然而，就在这时，基因塔的警报突然再次响起。夜枭的设备检测到深海传来异常波动，一个从未出现过的神秘信号源正在苏醒——深渊计划的真正核心，或许才刚刚浮出水面。
