神臂弩的惊艳亮相，如同催化剂一般，让“格物司”的地位再次提升，也让清玄这位“总领教习”的声望达到了前所未有的高度。始皇帝对“格物致知”表现出了极大的兴趣，不仅频繁召见清玄询问进展，还下令进一步扩大“格物司”的规模，从全国各地征调优秀的工匠和有潜力的年轻人加入。
这恰好与清玄想要传播知识、培养人才的想法不谋而合。
于是，在得到李斯和扶苏的默许（甚至可以说是暗中支持）后，清玄开始更加系统地、也更加大胆地推行他的“格物新学”。
仙师府不再仅仅是清玄的居所，俨然变成了一个小型的“格物学院”。之前那些通过“考核”的“旁听生”们，现在成为了正式的“学员”。清玄根据他们的特长和兴趣，将他们分成了不同的“专业方向”：
数理组：由赵文协助指导（他对数字和逻辑很感兴趣），专门学习和研究清玄传授的“仙文数字”（阿拉伯数字）、十进制运算、基础几何、以及简单的代数方程（用于解决一些实际计算问题）。他们负责为其他组提供精确的计算支持。
材料组：由芸娘负责，专注于研究各种矿物、金属、植物纤维、粘合剂（如改良生漆）的性质和应用，并尝试寻找和开发新的材料。炼钢和玻璃作坊的技术改进，是他们目前的主要研究方向。
机械组：由公输墨领衔，集合了一批精通木工、金工和机关术的匠人，致力于研究杠杆、齿轮、滑轮等力学原理，设计和制造各种省力机械、精密构件（如神臂弩的弩机），甚至开始畅想更复杂的联动装置。
生化组：由大壮（他心灵手巧，尤其擅长处理植物和简单的化学实验）负责一部分，主要研究“仙粮”的良种选育、病虫害防治（如土法农药的改良）、堆肥发酵技术的优化、以及简单化学品的制备和应用（如制皂、硝石制冰、酒精的初步蒸馏——用于消毒和燃料）。
清玄则扮演着“总设计师”和“首席科学家”的角色。他不再仅仅是传授知识，而是更多地提出问题、引导方向、激发学员们的创造力。他鼓励不同组之间的交流与合作，强调理论与实践相结合。
为了方便交流和记录，清玄编写的“仙师手札”经过不断完善和增补，己经初具一套简易教材的雏形。改良后的纸张和简易雕版印刷术也开始应用于小范围的教材复制。虽然效率低下，成本不低，但比起完全手抄，己经是一大进步。
一时间，仙师府和“格物司”呈现出一派热火朝天、欣欣向荣的景象。新的知识在这里碰撞，新的技术在这里诞生，一批掌握了初步科学思维和实践能力的“格物人才”正在快速成长。他们不仅为“格物司”的研发注入了新的活力，也开始将这些新知识、新理念，通过各种途径，缓慢地向外扩散。
然而，这种前所未有的“新学”的兴起，如同在平静的湖面上投下巨石，不可避免地引发了巨大的争议和反弹。
首当其冲的，依然是那些守旧的儒家博士官和部分思想僵化的老臣。他们对清玄这种不尊经典、专搞“奇技淫巧”、还自创一套“歪理邪说”（指格物学）的行为深恶痛绝。他们认为，清玄这是在用“小道”取代“大道”，用“术”取代“德”，会败坏人心，扰乱纲常，最终动摇帝国的统治根基。
“清玄小儿，以妖言惑众，以杂学乱政！其所授者，不过匠人之末技，岂能与圣贤经典相提并论？长此以往，国将不国矣！”一位须发皆白的老博士在朝堂上痛心疾首地哭诉，请求始皇帝严惩清玄，取缔“格物学”。
类似的弹劾奏章如同雪片般飞向咸阳宫。虽然李斯利用自己的权势压下了大部分，但这种反对的声音却从未消失，反而有愈演愈烈之势。
除了儒家，其他诸子百家的传人（虽然在大秦高压下大多转入地下或式微，但并未完全消失）也对这新兴的“格物学派”态度复杂。有些学派（比如墨家、阴阳家的一些分支）或许能从中看到与自身学说相通之处，表现出一定的兴趣甚至合作意愿；但更多的学派（比如一些强调思辨或的流派）则将其视为异端，或者担心其坐大，影响到自身本就不多的生存空间。
最阴险的攻击，则往往来自暗处。关于“格物司”耗费巨大、劳民伤财的流言开始散布；有人故意夸大试验失败造成的损失，指责清玄“草菅人命”；甚至有人编造谣言，说清玄私下里利用“格物司”的资源，为自己炼制“邪法器物”，图谋不轨。这些谣言半真半假，极具煽动性，给清玄和“格物司”造成了不小的困扰。
清玄知道，这些争议和攻击，不仅仅是学术之争或者观念之争，背后更掺杂着复杂的政治博弈和权力斗争。他推广“格物学”，培养人才，实际上是在潜移默化地改变这个时代的思想基础和权力结构，这必然会触动旧势力的神经。
面对日益汹涌的非议和暗流，清玄明白，光靠技术成果和始皇帝的信任是不够的。他必须为“格物学”找到一个更稳固、更合法的“名分”，将其纳入帝国的体制之内，才能最大限度地减少阻力，并使其能够长久地发展下去。
“丞相，”这天，清玄主动找到了李斯，“近来非议之声甚嚣尘上，想必丞相亦有所耳闻。欲平息此议，堵不如疏。臣有一策，名为‘兴办官学，专授格物，以考取士，服务帝国’，不知丞相以为如何？”
李斯眼中精光一闪：“官学？考取？”这两个词，瞬间触动了他作为帝国最高行政长官的神经。
