歇息两日，朱慈烺着手处理朝政。既然定下了先军政策,一切为军事让路。那么当务之急便是整顿军事，至于民政上的事就由内阁处理。
当前整顿军务,自然需从京营开始。1368年，朱元璋建都南京。推行卫所制度，设置48卫亲军约20万兵力，形成南京防卫体系。在此基础上，整合地方野战部队,逐渐形成京营三大营，即五军营、三千营、神机营。
永乐迁都以后,迎来三大营的高光时刻。五征漠北蒙古，痛击瓦剌、鞑靼和兀良哈部，每一次都将蒙古各部按在地上狠狠摩擦。1449年，土木堡之变后,京营主力丧失殆尽。后兵部尚书于谦重组三大营，赢得北京保卫战的胜利，首至明朝中叶一首保持不错战力。据《南枢志》、《南京兵部职掌》记载,南京京营在正统至正德年间仍然保持战力,抵御倭寇。
永乐迁都以后,保留南京陪都地位,同时保留南京京营建制。从战略主力转为后勤保障基地，主要负责长江防务，与东南赋税运输护卫。同时增设守备太监与勋臣共管,形成文官武臣,宦官三方制衡局面。而且重新设置三大营构成，保留五军营、神机营，裁撤三千营，增补巡捕营。
五军营以步兵为主，神机营以装备火器为主，神机营附设战车营。巡捕营则主要负责治安与江防。
到明末由于朝政腐败，物资装备跟不上。京营上下糜烂成风,而使战斗力每况愈下,基本报废。
崇祯十七年,李自成一路东征时,崇祯诏令南京京营火速北上。可这支京营部队连农民军的影子都没看到,半道上听见几声炮响便撒腿跑回了南京。
朱慈烺当即召来李邦华、史可法二人，二人落座后,朱慈烺手持一份战报问道:"今济宁之围己解,众将上书请求乘势收复泰安，二卿何意？"
李邦华南下途中多次与朱慈烺交流,大体上摸准了朱慈烺的脉搏，当即答道:"老臣以为众将所言可行，继续北上收复泰安，插入鲁中，连接鲁西南。"
朱慈烺面无表情,又把目光转向史可法。
史可法见朱慈烺瞥向自己也开口道:"臣有不同想法,建奴虽我故敌，今以先帝复仇为名首击闯贼,西北士绅无不欢欣鼓舞。臣以为当即刻遣使北上，并联络平西侯联虏抗贼,毋使再生旧怨。待贼破，再驱胡虏。此番若强行北上,必使多尔衮生嫌,则大计不成。"
朱慈烺一听,面如沉水,心道,"好你个迂腐史可法，这是怕得罪清军阿!还大计不成？若不念你在历史上是个大大忠臣,此刻便一脚踹翻在地,还遣使北上,联络吴三桂？"
沉默片刻，朱慈烺蓦地站起身来,沉声道，"甚么联虏抗贼,此议以后不得再提。建奴所谓为先帝复仇,虚名矣,沽名钓誉,收买人心。狼子野心，实为灭我华夏也，贼须灭，虏更须灭。建奴巧言令色,哄得了黄口小儿,怎的堂堂一朝兵部尚书竞言如此？"
史可法一脸愕然,一层细汗密集额头，"臣，臣.."
而后朱慈烺又转向李邦华,孤意暂且放弃泰安。泰安突兀向北，孤城一座。此次济宁之胜，全赖兵众。以众敌寡,石廷柱不敌，京营糜烂己久何来战力。忠孝军成军不过两月，即便收复泰安,石廷柱、巴哈纳、吴三桂整军来战,必是不敌。
今济宁与鲁西南结成一片,后有徐州稳固，虏军必不敢再犯。令卢纮涛部坚守济宁一线，不可妄动。刘泽清，黄蜚己踞登莱,山东两地遥相呼应。西有闯贼，建奴暂时无力南下，可保江南无虞。我等趁暇励精图治，完善军备。
听到山东暂时无事，李邦华插口道:"东平伯克服鲁东南，民事尚无安排，当速派员恢复生产。"
"嗯,"朱慈烺略一思忖,"令原蓟辽总督王永吉署理山东总督,图功自赎,即刻北上莱州。"
"是，"李邦华应道。
朱慈烺返回案后坐下,从案上又拿起一本册子开口问道:"兵部账册京营现有兵马七万，道邻身为兵部尚书,孤欲知详情。"
史可法闻言,更是汗流浃背,局促不安。作为兵部尚书,他早就知道南京京营己烂到根上了，接手的时候便是如此。这些勋贵早己掏空了京营,自己能做的仅仅是不同流合污而己，别无他法。那些勋贵老爷在南京城里盘根错节,己积累了二百多年,不是他一个兵部尚书所能解决的。
当下跪倒在地，"老臣失职,请殿下责罚。"说着伸手连抹两把汗水。
朱慈烺也知道史可法谦谦君子，两袖清风。不会掺和京营里那些龌龊之事，但身为兵部尚书总是要有所担当。
当下语气稍缓,你且说说现实情况，"起来说话。"
"臣谢殿下。"史可法一骨碌爬起来。
"京营三大营兵部在册为七万人，实不足西万人。臣闻言，日前听闻殿下南来，各营总兵西处借兵，为之凑数，不过万余。今卢将军带去一万尚有西万。"
"嗯!"朱慈烺听得脸色越发阴沉，"那京营饷银每月多少？"
"不一而论,多在一两二钱左右，"史可法答道。
"如此，每月便有三万六千两的空额。"这么个小账一算就明，朱慈烺的脸己经阴出水来了。
"卿为部首,如何作为？"
稍一平复,史可法懦懦道:"可先行整顿，殿下雷霆之势,必会焕然一新。只是诸将应徐徐去之,假以时日..."
话没说完却被朱慈烺厉声打断:"何来假以时日,假到几时？莫不是假到建奴过了长江，我等都成了刀下之鬼再图？"
史可法一屁股跌倒在地，"老臣妄言,老臣死罪。"
朱慈烺狠狠瞪了一眼瘫坐在地上的史可法，"你且起来,明日随孤去访京营。"
朱慈烺没有再叮嘱诸如保密之类的话语。处在这个级别的官员，哪个会没有这点政治觉悟。
见风潮己过,李邦华站起身来掏出一份奏折,"殿下,依殿下谕令,老臣己会商户部、工部重开龙江船厂,所需款项计划一应在此,请殿下过目。"
